LE VIVANT

Introduction

La biologie est la science des phénomènes de la vie. La biologie comprend l'ensemble des sciences de la vie, soit du point de vue de leur objet (botanique et zoologie), soit du point de vue des formes et des rapports entre les organes (l'anatomie), des fonctions (la physiologie), des gènes et de l'hérédité (la génétique), de l'évolution des espèces (théories de l'évolution). La connaissance des êtres vivants ne reçut le nom de biologie qu'au début du XIX ième avec Lamarck. Ce n'est qu'à la fin du XVIII ième que cette connaissance connut un essor considérable en raison de l'introduction de la méthode expérimentale. Elle devient alors une science au sens étroit du terme c'est à dire une science expérimentale.

Cependant l'introduction de la méthode utilisée dans les sciences de la matière ne va pas sans poser des difficultés dans la mesure où l'objet à connaître, le vivant, est un être vivant qui, en raison de ses caractéristiques, résiste à l'observation et l'expérimentation. Comme nous le verrons par la suite, ces difficultés ont pour origine le fait que l'être vivant est un organisme. Se pose alors un certain nombre de problèmes :

L'organisme forme un tout dont les parties semblent subordonnées à une fin : la vie. Est-il dans ce cas possible de connaître le vivant à partir de l'application du seul déterminisme mécaniste ne cherchant que les causes efficientes ? Ne faut-il pas réintroduire le principe de finalité que les sciences exactes avaient réussi à exclure, cette exclusion étant constitutive de leur scientificité ? La biologie est-elle encore une science si elle est la seule science à recourir aux causes finales ?

Ces difficultés que rencontre la connaissance du vivant dans l'application de la méthode expérimentale n'indiquent-elles pas qu'il existe deux ordres hétérogènes de la nature, celui de la vie et celui de la matière ? En d'autres termes, la vie est-elle réductible aux processus physico-chimiques de la matière ?

Ainsi la connaissance scientifique du vivant rencontre des difficultés qui relancent le questionnement métaphysique. Qu'est-ce que la vie ? La vie est-elle ontologiquement distincte de la matière ? Quel est la part du hasard et de la nécessité ? La vie obéit-elle à une fin?

1. Qu'est-ce qu'un être vivant ?

L'être vivant est un organisme. Il n'est pas constitué d'une juxtaposition de parties ajoutées les unes aux autres. Ces parties forment un tout car elles sont interdépendantes (le fonctionnement d'une partie est tributaire de celui des autres) et paraissent toutes participer à une fin commune : le maintien de l'être vivant en vie. Parce qu'il est un organisme, l'être vivant est un organisme. Tout être vivant est un individu au sens où il forme une unité distincte, ne ressemblant exactement à aucune autre, qui ne peut être divisée sans être détruite. Leibniz au XVII ième avait énoncé l'existence d'un principe, nommé principe des indiscernables, selon lequel il n'y a pas deux êtres identiques dans la nature.

Qu'est-ce qui différencie les organismes vivants des choses naturelles ou objets fabriqués ? Jacques Monod, généticien, prix Nobel de médecine en 1965, retient dans Le hasard et la nécessité trois critères qui doivent être présents simultanément dans un être pour que celui-ci puisse être qualifié de vivant.

Le premier est la téléonomie (du grec « télos » : fin et « nomos » : loi). L'être vivant est toujours un être qui, pris dans son ensemble ou chacune de ses parties, répond à une fonction, donc apparemment à une fm. Du point de vue de l'ensemble, l'être vivant semble "fait pour" se perpétuer. Se perpétuer lui-même, du moins le temps nécessaire à la reproduction, et perpétuer son espèce. Du point de vue de chacune des parties, ces dernières semblent "faites pour" accomplir telle ou telle fonction. L'oeil est "fait pour" voir, la langue du fourmilier "pour" attraper les fourmis ... comme si une fin à réaliser était à l'origine de chaque organe, comme si la fonction créait l'organe.

Le second critère retenu par Monod est la morphogenèse autonome (du grec morphé: forme et genesis ddéveloppement). L'être vivant est en relation constante avec un milieu extérieur ; néanmoins, le processus de formation et de développement d'un être vivant est indépendant du milieu extérieur. Même si, pour son entretien et sa croissance, un organisme vivant a besoin d'assimiler des substances étrangères (nourriture, oxygène, gaz carbonique, etc.), même si, sans ce type de relations la vie ne pourrait ni exister, ni se développer, toujours est-il que sa forme et sa croissance sont régies par une programmation interne qui n'est pas le résultat des forces extérieures qui s'exercent sur l'être vivant. Par exemple, un poisson rouge ne peut survivre sans eau et daphnies, mais aucune force physique ne peut transformer ce dernier en éléphant. Les manifestations principales de cette morphogenèse autonome sont l'auto-formation, l'autorégulation et l'auto-réparation. Cette dernière, bien qu'elle ne concerne pas tous les organes, s'étend cependant à un nombre infini d'agressions et de blessures. C'est ainsi que l'écorce du pin entaillé se refait, que la pince du crabe repousse et que les blessures se cicatrisent.

Le troisième critère est l'invariance reproductive. Les êtres vivants se reproduisent. En outre, cette reproduction est marquée par l'invariance, soit complète en cas de reproduction par scissiparité (division des cellules), soit partielle en cas de reproduction sexuée. Il existe alors des différences individuelles (à l'exception des jumeaux univitellins) mais les caractéristiques de l'espèce sont conservées. Il ne faut pas confondre la variabilité des individus et l'invariance propre à l'espèce.

Ces trois critères, présents en un même être, nous permettent-ils de distinguer assurément le vivant de l'inerte ? Après tout, les machines sont également des objets téléonomiques, les machines peuvent s'autoréguler et les ordinateurs, en raison de la programmation, ont une certaine autonomie. Il est moins aisé qu'il ne le paraît au premier abord de dégager des critères permettant de différencier un être vivant d'une machine complexe toutefois, la machine ne se reproduit pas, ne croit pas et connaît une autonomie très limitée.

II. La méthode expérimentale en biologie

Bien que l'être vivant soit un organisme qui apparemment obéit à des fins, la biologie, en tant que science expérimentale, explique les phénomènes de la vie : elle recherche la ou les causes efficientes d'un phénomène donné et le recours aux causes finales est exclu dans la mesure où une cause finale ne peut pas être objet d'une expérience possible. La fin poursuivie ne peut jamais être exhibée au cours d'une expérience. Seul un mécanisme, c'est à dire un agencement de causes et d'effets physico-chimiques, peut l'être. Il est possible de montrer à partir de l'expérience comment l'oeil voit, quel est le mécanisme de la vision, mais il n'est pas possible de montrer dans une expérience qu'il est "fait pour" voir, que ce mécanisme a une fin et que cette fin est l'origine de l'agencement des causes et des effets produisant la vision. Le finalisme est une interprétation philosophique des manifestations de la vie tout à fait pertinente mais il ne peut pas être une théorie de la science expérimentale dans la juste mesure où il ne peut pas être expérimenté.

Claude Bernard, le père de la physiologie expérimentale, montre dans l' "Introduction à la méthode expérimentale" (1865) qu'il est non seulement possible mais encore nécessaire d'introduire en physiologie la méthode des sciences exactes. Trois étapes la constituent.

1. L'observation minutieuse et impartiale des phénomènes vitaux
2. La formulation de l'hypothèse
3. L'expérimentation: «observation provoquée ou préméditée»

Pour illustrer cette méthode et son efficacité, C. Bernard raconte comment il a découvert l'autophagie de l'animal qui à jeun se nourrit de sa propre viande.

1. On lui apporte des lapins venant du marché. Il observe par hasard, car ce n'est pas ce qu'il cherchait, que leurs urines sont claires et acides. Cette constatation constitue un "fait polémique" selon l'expression de Bachelard puisque les lapins, en tant qu'herbivores, devraient avoir des urines troubles et alcalines, les urines claires et acides étant celles des carnivores.
2. C. Bernard formule alors l'hypothèse suivante que l'on peut énoncer sous forme de syllogisme les urines des carnivores sont claires et acides or ces lapins ont des urines claires et acides donc ils sont carnivores.

Mais comment sont-ils devenus carnivores ? L'abstinence les transforme en animaux carnivores se nourrissant de leur propre sang.

1. Contrôle expérimental de l'hypothèse ou selon les termes de C. Bernard de "l'idée préconçue". Il nourrit les lapins avec de l'herbe. Leurs urines redeviennent troubles et alcalines. Il cesse de les nourrir, leurs urines, comme prévu, sont à nouveau claires et acides. Il répète la même expérience sur d'autres lapins et sur le cheval avec le même résultat. En outre, pour prouver définitivement l'hypothèse, il réalise expérimentalement un lapin carnivore en le nourrissant de viande ; ce dernier, pendant la durée de l'alimentation, garda des urines claires et acides. Donc, à jeun, tous les animaux se nourrissent de viande.

Bernard sait bien lui-même que le cas décrit est un cas idéal car il a été facile d'isoler les paramètres et de les faire varier. Le plus souvent, l'application de la méthode expérimentale en biologie rencontre des difficultés spécifiques dues à la nature de l'objet étudié.

1. L'être vivant est un organisme dont les différentes parties sont interdépendantes. Par conséquent, il est difficile de connaître la fonction d'un organe. Il ne suffit pas de l'endommager ou d'en faire l'ablation pour la connaître. En effet, en raison de la solidarité organique, la modification d'un organe peut entraîner celle de l'ensemble et, le tout étant modifié, il est impossible de déterminer avec précision le rôle de l'organe en question. D'autre part, un même organe assure souvent plusieurs fonctions. En outre, il existe des phénomènes de suppléance : un autre organe vient remplir la fonction de l'organe déficient. Par exemple, un aphasique, qui a perdu le souvenir des mots articulés à la suite de lésions des centres du langage situés dans l'hémisphère gauche du cerveau, peut être rééduqué, ce qui signifie qu'une autre partie du cerveau (ici l'hémisphère droit) supplée la partie atteinte.
2. Il est impossible de répéter à volonté une expérience sur un même individu car il se modifie au cours des expériences répétées. Un organisme ne demeure pas identique à lui-même, il change, et il est capable de s'adapter aux variations du milieu. Le temps biologique est irréversible. Il n'est pas possible de revenir en arrière c'est à dire de répéter exactement dans les mêmes conditions la même expérience. Il est donc beaucoup plus difficile de dégager des lois car l'adaptation peut faire échec à la prévision.
3. L'être vivant est un individu. Les organismes ne sont pas interchangeables et les différences individuelles compliquent le travail de découverte de lois par définition universelles et nécessaires.

Pour toutes ces raisons, le progrès de la connaissance en biologie est très lent. Les instruments qui, actuellement, permettent d'observer sans modifier (ou peu) l'organisme facilitent la recherche.

III. Le paradoxe de la biologie : doit-elle être la seule science à ne pas exclure totalement le recours aux causes finales ?

Nous venons de voir que la biologie est devenue une science à partir du moment où elle a adopté ce que J. Monod nomme "le postulat de l'objectivité de la nature" qui pose à titre de principe méthodologique que la nature peut devenir l'objet de la méthode expérimentale. La biologie peut-elle se passer complètement des causes finales ? Cette question se pose à deux niveaux, celui de l'explication du fonctionnement de l'organisme et celui de l'évolution des espèces.

A. Mécanisme et finalité au niveau des fonctions organiques

Descartes dans les Méditations métaphysiques montre que l'âme est ontologiquement distincte du corps. Descartes critique par là même ceux qui, à l'instar d'Aristote, conçoivent l'âme comme un principe d'animation de la matière inanimée ; l'âme avec Descartes devient pur esprit, pure pensée, qui, certes, est étroitement unie au corps, mais qui n'est plus forme du corps. Le corps est désormais une machine sans âme, sans principe interne d'organisation, un automate très complexe qui se meut de lui-même sous l'effet de l'agencement de tubes, cordes, poulies, etc. Ainsi les animaux deviennent des "machines à plumes et à poils". Dans le texte du manuel extrait des «Passions de l'âme» Descartes compare le corps à une montre pour montrer que le corps vivant ne diffère pas ontologiquement du corps mort. Le corps qui vit est un corps qui se meut mécaniquement de lui-même. Que le mécanisme soit rompu et la machine cesse de fonctionner tout comme les aiguilles d'une montre cessent d'avancer lorsque la montre se brise sur le sol. La vie n'est pas une entité distincte. Le corps vivant est une portion d'étendue en mouvement. On appelle mécanisme cette conception selon laquelle le corps vivant est une machine complexe. Pour Descartes, la machine est constituée de cordes et de poulies, pour la science contemporaine la machine est constituée des propriétés physico-chimiques de la matière.

Kant montre contre Descartes que "un être organisé n'est pas simplement machine, car la machine possède uniquement une force motrice ; mais l'être organisé possède en soi une force formatrice ". Cette force est ce que J. Monod nomme la morphogenèse autonome. L'être organisé est une montre qui se remonte et se répare. L'agencement des parties semble être déterminé "par l'Idée d'un tout" et à ce titre, "l'être organisé et s'organisant lui-même, peut être appelé une fin naturelle».

Chaque partie existe par et pour les autres en vue du tout. Il est possible de définir un être vivant comme suit:

"Un produit organisé de la nature est celui en lequel tout est fin et réciproquement aussi moyen II n'est rien en ce produit, qui soit inutile, sans fin, ou, susceptible d'être attribué à un mécanisme aveugle" $ 66). Par suite, le biologiste ne peut pas se passer du principe de finalité. Ce principe est un principe régulateur qui lui sert de fil conducteur : il part du principe que "rien n'arrive au hasard " et qu'il faut donc chercher la fonction des constituants de l'organisme. Ce principe guide la recherche et a une valeur heuristique puisqu'il permet de chercher et trouver. Ce principe, en tant qu'Idée de la raison qui dépasse le domaine de l'expérience, n'est pas pour autant un principe constituant c'est à dire un principe susceptible de donner une connaissance objective du vivant. La connaissance du vivant est une connaissance par les causes efficientes et non finales. C. Bernard, un peu moins d'un siècle plus tard, analysant sa pratique, admet que le physiologiste postule l'existence d'une finalité harmonique et préétablie". Le physiologiste ne peut se passer de la question : pourquoi ? Pourquoi tel organe existe-t-il ? A quoi sert-il ? C'est en se posant ces question qu'il peut déterminer le comment c'est à dire le mécanisme. Cela ne signifie pas que tout élément ait une fonction. Si la tache rouge du bec du goéland argenté est un repère pour les petits qui la frappent du bec quand ils ont faim, la couleur des yeux du chat ne semble pas avoir une fonction. Cependant, pour le savoir, il faut d'abord chercher la fonction.

Tel est le paradoxe de la biologie, seule science à recourir aux causes finales. Selon J. Monod la biologie moléculaire a résolu ce paradoxe qui jetait une ombre et sur la science et sur son objet dans la mesure où le postulat de l'objectivité de la nature ne pouvait être entièrement suivi. Dans Prospective et santé (n° 1) on peut lire : "La théorie moléculaire du code génétique, constitue une interprétation physique de l'origine des propriétés téléonomiques des êtres vivants et nous permet de comprendre [...] que d'un univers strictement objectif, c'est à dire dénué de projet, puissent sortir des êtres qui ont un projet, nous par exemple". Les hypothèses de Darwin concernant la formation et l'évolution des espèces seraient ainsi confirmées. Pour comprendre comment des organismes ont pu naître du hasard et de la nécessité et dans quelle mesure la connaissance du code génétique renforce cette hypothèse, il est nécessaire d'examiner maintenant les théories de l'évolution des espèces.

B. Mécanisme et finalité au niveau de l'évolution des espèces

Bien que l'évolution des espèces soit généralement admise, cette évolution est une découverte relativement récente, le premier à l'avoir théorisé étant Lamarck en 1808 dans la «Philosophie zoologique». On appelle fixisme, la théorie selon laquelle les différentes espèces que l'on observe ont toujours existé telles qu'elles existent actuellement. Cette théorie s'appuie sur l'autorité de la Bible et d'Aristote. On appelle créationnistes, les sectateurs actuels de cette théorie, suffisamment puissants aux Etats Unis pour en imposer l'enseignement, du moins dans certains États. Quoique conforme à l'expérience commune (un chat engendre un chat et les abeilles décrites dans les textes de l'Antiquité semblent en tout point similaire aux nôtres), dès la fin du XVIII, le fixisme était fort mal à l'aise pour rendre compte de certains phénomènes tels que les hybridations (croisement de deux espèces), les monstres "contre-nature" et la découverte des fossiles qui montrent tantôt une étonnante permanence de l'espèce, tantôt une surprenante diversification. En 1784, une découverte vient ruiner un des arguments clefs du fixisme, à savoir l'absence de continuité entre les primates supérieurs et les hommes. En effet les primates comme les mammifères ont un os intermaxillaire que l'homme n'a pas. Cette absence de continuité était interprétée comme le signe d'une différence ontologique voulue par Dieu faisant l'homme et non le singe à son image. Or un crâne porteur de cet os, selon toute apparence bien plus humain que simiesque, fut découvert. On appelle transformisme, l'idée selon laquelle les espèces évoluent c'est à dire se transforment de manière à constituer une espèce nouvelle et ont donc une histoire. Le transformisme n'est pas une théorie mais l'ensemble des théories qui admettent l'évolution. Ces théories peuvent être divisées en deux groupes du nom de leur chef de file : le lamarckisme et le darwinisme. Actuellement la théorie de Darwin confirmée et corrigée par la biologie moléculaire est communément admise.

Cette théorie est-elle une théorie scientifique ? On lui a longtemps refusé ce statut dans la mesure où la méthode expérimentale ne peut pas être entièrement suivie : il est impossible de contrôler expérimentalement l'hypothèse de l'évolution. Le paléontologue, tout comme l'historien, a affaire à des traces, à un passé irréversible qu'il ne peut répéter pour contrôler la vérité de son savoir. Il est certes impossible de revenir au cambrien pour assister à l'explosion des formes vivantes mais il est cependant possible d'observer à l'échelle humaine la transformation d'une espèce donnée à l'occasion d'un changement brusque du milieu. Néanmoins cette théorie, comme toute connaissance en ce domaine, n'est pas aussi exacte et certaine qu'une théorie physique.

1. Le lamarckisme

De quelle nature est cette évolution ?

Elle est graduée, va des êtres les plus simples aux plus complexes.

Elle est continue. Les êtres vivants se transforment graduellement, sans ruptures.

Elle est uniforme. L'évolution a un sens et un seul, celui de la complexité croissante.

• Elle a un sens et tend vers une fin. Le devenir des espèces obéit à un plan d'ensemble voulu par Dieu; lui seul nous permet de comprendre l'étonnante complexité des formes vivantes et le fait qu'elle aille croissant.

Quel est le moteur de l'évolution ?

• L'adaptation. Les êtres vivants évoluent sous l'effet du milieu en s'adaptant à lui. Le défaut d'emploi d'un organe finit par le faire disparaître, par contre l'emploi fréquent d'un organe le développe. La fonction crée l'organe. Ainsi, les girafes ont un long cou car, pour survivre, elles doivent brouter le feuillage des arbres.
• L'hérédité des caractères acquis. En l'absence de cette hérédité, l'évolution serait celle de l'individu et non de l'espèce. La modification acquise au cours d'une existence se transmet à la descendance.

Tels sont les deux facteurs essentiels de l'évolution des espèces. A ces deux facteurs, Lamarck en ajoute un troisième.

• La génération spontanée c'est à dire l'apparition incessante d'êtres vivants à partir de la matière inerte. Lamarck suppose son existence car elle permet de comprendre pourquoi il existe encore des formes vivantes élémentaires.

Selon Lamarck, l'évolution est un processus finalisé dont les acteurs sont les êtres vivants s'adaptant activement à leur milieu.

1. La réfutation du lamarckisme

En 1861 Pasteur montre que la vie ne peut naître spontanément de la matière non organique. Le vivant ne peut naître que du vivant. En effet, le lait le bouillon, le sang, peuvent se conserver à l'air, sans altération, pourvu que cet air soit purifié de ses germes. Donc les micro-organismes qui prolifèrent sur la viande pourrie ne sont pas nés spontanément de la matière ; ils étaient en germe dans l'air.

Peu après, A. Weismann remettait en question l'hérédité des caractères acquis. On a beau couper les queues des souris pendant des générations de souris, celles-ci ne transmettent pas le caractère acquis aux générations qui suivent. Récemment la biologie moléculaire a porté le coup de grâce au concept d'hérédité des caractères acquis en montrant par de nombreuses expériences que l'adaptation de l'individu à son milieu ne peut entraîner une modification du code génétique et par suite être transmise.

1. Le darwinisme

Le XIXe est le siècle de la mort de Dieu (Nietzsche). Univers post-chrétien. Pas de transcendance, pas d'âme. Rien que du corps et de la matière. Darwin = père fondateur de la biologie moderne.

Freud: Après Copernic, Darwin a infligé à l'humanité sa deuxième « blessure narcissique »: vexation cosmologique et vexation biologique.

Avec Darwin, l'homme est un animal comme les autres, qu'il y a en lui une origine animale et non divine. Contre l'anthropocentrisme et l'orgueil des hommes.

• Résumé de l'idée d'évolution:

Darwin a formulé l'hypothèse selon laquelle toutes les espèces vivantes ont évolué au cours du temps grâce au mécanisme explicatif de la « sélection naturelle ». La nature choisit ou sélectionne les animaux ou plantes qui survivront ou disparaîtront. Et pendant ce processus de sélection naturelle, les espèces changent graduellement, ou évoluent, de façon à mieux s'adapter à leur environnement. Certaines espèces meurent tandis que d'autres disparaissent. Le monde n'a pas été créé en 7 jours (# «créationnisme» = les espèces créées par Dieu sont restées inchangées («fixisme») depuis leur Création). Si Dieu est parfait alors sa Création doit l'être aussi. Or, ce qui est parfait ne saurait évoluer).

«De l'origine des espèces» (1859): Pas de différence de nature mais de degrés entre homme et animal (contre le christianisme et la notion d'âme, contre également la tradition cartésienne). Nous sommes l'une des modalités de l'animalité, nous sommes des mammifères, des animaux comme les autres. L'homme n'est pas supérieur aux autres espèces. Darwin est un «continuiste» (différence de degré entre homme et animal): Onze ans après «De l'origine des espèces» (1859), qui fonde la théorie de l'évolution et de la sélection naturelle, Charles Darwin provoque de vives polémiques en publiant «La Filiation de l'homme». Il s'appuie sur des comparaisons anatomiques pour démontrer le rattachement généalogique de l'homme à la série animale et sa filiation à partir d'un ancêtre commun lié aux singes catarhiniens de l'Ancien Monde. L'homme est un primate comme les autres. Ils ont une généalogie commune.

• Les premières années :

Né le 12 février 1809 à Shrewsbury (Angleterre)

Famille de la haute bourgeoisie de l'époque victorienne. Il est le cinquième d'une fratrie de six enfants d'un père médecin et financier prospère.

Son grand-père, Erasmus = scientifique célèbre, naturaliste qui a écrit «Zoonomia», ouvrage de classification des plantes.

Ascendance, famille de scientifiques, de botanistes, de naturalistes.

Mais, se souvenant de son enfance, Darwin écrit: «Je crois que mes maîtres et mes parents me considéraient comme un garçon ordinaire, d'intelligence plutôt inférieure à la moyenne.» !

Enfant, il collectionne déjà plantes, coquillages, roches, etc. Il aime à se promener dans sa région, observant et collectionnant, herborisant.

Anecdote : Un jour, le jeune Darwin détacha d'un arbre un morceau d'écorce et découvrit deux espèces de scarabées. Il en prit un dans chaque main quand il en vit un troisième. Ne voulant pas le laisser s'échapper, il le mit dans sa bouche. Le scarabée envoya une giclée d'un liquide si acide que le petit Charles dut le recracher !

1825 = Étude de médecine à Édimbourg, qu'il abandonne (il est révolté par la brutalité de la chirurgie). Pas d'anesthésiant. Il s'évanouit en regardant une opération ! Il ne sera donc pas médecin … comme son père!

1828 = Au grand regret de son père, il entreprend d'étudier la théologie ! Plus tard, il écrira: «Je ne doutais pas alors de la stricte vérité d'un seul mot de la Bible.». Il sort diplômé de Cambridge en 1831.

Aime Toujours les sciences naturelles et la géologie (collectionneur de pierres, d'insectes). Il lit Humboldt (voyageur, géographe, explorateur) et décide de devenir comme lui explorateur plutôt que pasteur !

Rappel: Alexandre von Humboldt (1769 – 1859), célèbre scientifique et explorateur allemand. Voyages en Amérique du nord et du Sud et en Asie. Il écrivit de nombreux ouvrages de vulgarisation scientifique.

• Autour du monde sur le Beagle :

A 22 ans, le 27 décembre 1831, il part sur le «Beagle» (navire de la Marine Royale de 27 mètres, 70 personnes à bord) pour un voyage de 57 mois (en dépit des résistances de son père). Il a le mal de mer ! Faire des relevés topographiques en Amérique du sud et dans l'hémisphère sud, expédition d'étude, d'observation autour de la Terre.

Voyage du «Beagle»: Angleterre, Amérique du Sud par le cap Horn, îles Galápagos, traversée de l'océan Pacifique, Nouvelle-Zélande, Australie, cap Leeuwin, océan indien, cap de Bonne Espérance, Brésil, Angleterre de 1831 à 1836.

Rôle de Darwin = recueillir des espèces des plantes, animaux, roches et fossiles, et de rédiger des observations sur chaque endroit visité.

Il découvre plus de 100 nouvelles espèces. En faisant des fouilles, il découvre des espèces disparues (contre la perfection divine du «fixisme»).

En Patagonie, il découvre les fossiles d'une créature géante ressemblant à un gigantesque lama. Pourquoi certaines espèces d'animaux géants disparaissaient-elles ? Darwin établit une relation entre les fossiles et les créatures toujours vivantes. Sa théorie de l'évolution prend peu à peu forme.

Aux Galápagos (archipel), il remarque que chaque île développe des espèces subtilement différentes (tortues aux carapaces différentes, oiseaux d'une même espèce avec des becs et des plumages spécifiques): des ressemblances et des différences.

Intérêt particulier de Darwin pour un groupe d'oiseaux: les pinsons. Chaque espèce avait un bec légèrement différent, permettant d'attraper une certaine catégorie de nourritures (graines dures, insectes).

L'espèce initiale évolua en différentes espèces, chacune adaptée à la source d'alimentation de son île.

Variation au sein d'une même espèce. Les espèces ne sont pas immuables (Lamarck l'avait déjà dit). Variabilité des espèces selon l'environnement (climat, nourriture, prédateurs). Sélection naturelle comme mécanisme. Toutes les espèces évoluent, continuellement.

Autres exemples de «sélection naturelle»: Les bois du cerf et les plumes du paon sont des exemples de la sélection sexuelle, une forme de la «sélection naturelle» Les femelles choisissent les mâles se montrant sous leur aspect le plus avantageux, et le descendant mâle hérite de ces avantages. Au cours des siècles, les bois du cerf mâle deviennent plus grands pour impressionner la femelle. Les paons ayant les plus belles plumes ont été ceux choisis par la femelle. Ces mâles transmettront leurs caractéristiques à leur progéniture.

• Ainsi l'adaptation, l'évolution n'est pas un but mais un résultat.

ANECDOTE : l'équipage du Beagle part avec des tortues pour s'en nourrir jusqu'à la prochaine escale !

En Australie, il découvre que la terre est plus vieille que ce que disent les théologiens (- 4004 av. J.C.)

Il apprend par sa sœur qu'il est célèbre alors qu'il est en voyage ! L'image du scientifique-voyageur comme Humboldt qu'enfant il admirait tant. Si une vie réussie consiste à réaliser ses rêves d'enfant…

• Le retour en Angleterre.

Le retour en Angleterre se fait le 2 octobre 1836.

Darwin passe les années suivantes à organiser et cataloguer sa vaste collection de plantes, roches, fossiles et animaux.

Il épousa sa cousine, Emma ! Il perd une fille de 10 ans => Athéisme.

Il devient membre de la «Royal Society».

Il s'installe dans le Kent, où il restera jusqu'à la fin de sa vie. Il ne voyagera plus.

A la fin de son voyage scientifique, il dispose de la totalité de ses observations qui formeront sa théorie qui fait l'économie de l'hypothèse de Dieu concernant précisément l'origine des espèces. Idée de la «sélection naturelle». Dénonciation du créationnisme (donc tous les monothéismes y compris l'Islam). Évolutionnisme : on ne part pas d'un homme créé ex nihilo à partir de la glaise («Bible») mais l'homme est le résultat de modifications dont il faut connaître les lois.

Pour le créationnisme, l'homme est le fils de Dieu. Pour l'évolutionnisme, il est un enfant de singe !

Il hésite à faire connaître ses thèses et à publier ses travaux. Pendant 20 ans, il ne dira rien de sa découverte. Il a découvert le mécanisme d'évolution du vivant mais il se tait. Exemple de Galilée quelques siècles plus tôt…

En 1844, il écrit à un ami botaniste : «Je suis convaincu que les espèces ne sont pas immuables.»

Mais grâce à Alfred Wallace, qui est arrivé aux mêmes conclusions que lui, il fait paraitre son ouvrage.

Dans une lettre, il dit, «je me fais l'effet d'avouer un meurtre»

En 1859 (année de la mort de Schopenhauer), Darwin publie :

«De l'origine des espèces au moyen de la sélection naturelle, ou la Préservation des races favorisées dans la lutte pour la vie.»

Tout est dans le titre !

Gros livre de biologie : plumé des animaux, sur le comportement de fourmis agressives, parade amoureuse de tel ou tel oiseau, la beauté des fleurs, la variété des plantes, etc.

L'éditeur de Darwin, John Murray réalise l'immense réprobation que le livre va susciter. Seulement 1250 exemplaires sont imprimés. Par souci de discrétion ! Réimpression immédiate, le livre connaît un énorme succès/scandale !

Même si Darwin parle peu de l'espèce humaine, l'indignation est unanime ! Un prêtre qualifie le tranquille Darwin «d'homme le plus dangereux d'Angleterre» !

Comment s'effectue la sélection naturelle ?

2 causes qui sont:

• le milieu
• la variabilité c'est à dire l'existence de variations individuelles congénitales, innées et donc indépendantes du milieu.

L'être vivant ne s'adapte pas à son milieu. Il est adapté ou ne l'est pas. Ceux qui sont adaptés vivent plus longtemps, se reproduisent davantage et transmettent à leurs descendants leurs caractères innés favorables à la survie.

Cette «sélection naturelle» est un mécanisme aveugle. Elle est le résultat du hasard au sens où :

1° Les espèces existantes ne sont pas l'effet d'un plan, d'une finalité de la Nature ou d'un Dieu.

2° Les espèces actuelles ne sont pas nécessaires mais contingentes. Elles auraient pu ne pas être. Par exemple, le changement de climat donnant lieu à l'extinction des dinosaures aurait pu ne pas se produire (phénomène volcanique intense ou chute d'un météorite) et les mammifères auraient pu ne pas se développer à leur place. "Aurai(en)t pu" signifie que le contraire n'implique pas contradiction. Ceux qui ont survécu sont ceux étaient les mieux adaptés à ce milieu-là. Dans un autre milieu, leurs différences individuelles auraient été nuisibles. Ils ne sont pas en soi "les meilleurs". Leur aptitude à survivre est la rencontre hasardeuse d'un milieu et de caractères innés. Telle est la définition du hasard : intersection de deux séries de causes et d'effets indépendantes c'est à dire dont l'intersection n'est pas nécessaire.

La théorie de Darwin explique l'évolution à partir du hasard (intersection) et de la nécessité (séries de causes et d'effets) sans recourir aux causes finales.

Hasard et nécessité  – Variation (diversité génétique) et sélection (environnement):

* le hasard c'est la production de la nature (la génétique n'est pas encore connue mais Mendel [*] est son contemporain). Variation génétique : tous les descendants ne se ressemblent pas. Il y a des variations de taille, de force, de couleur, etc. De nouvelles caractéristiques apparaissent à chaque génération. Les individus varient imperceptiblement d'une génération à l'autre. La variation ne concerne pas seulement les individus mais également les générations.

[*] Mendel et l'hérédité: Darwin ne savait pas comment certaines caractéristiques se transmettaient dans parents aux enfants et pourquoi il y avait de légères différences entre les descendants. Contemporain de Darwin, Gregor Mendel (moine autrichien !) explique l'hérédité de certains caractères, transmis par ce que nous connaissons aujourd'hui sous le nom de gènes. Il démontre comment certains gènes s'effacent et changent d'une génération à l'autre. Mendel = père de la génétique moderne.

Il faudra attendre le milieu du XXe siècle pour voir la génétique et les idées de Darwin se combiner dans le «néodarwinisme».

* la nécessité: seules les formes (les individus) adaptés vont survivre. «Struggle for life». Survivre est difficile et seuls les plus aptes y parviendront. Sélection naturelle : la vie est une lutte pour trouver la nourriture, se reproduire, l'espace vital. Certaines caractéristiques peuvent aider dans cette lutte, comme des dents plus aiguisées chez le chasseur, un cou plus long pour l'herbivore, plus de graines dans une plante, etc. Ces caractéristiques permettent une meilleure adaptation à l'environnement. Si une caractéristique habituelle est acquise, le descendant (animal, plante) en héritera. Cela l'aidera à survivre et à procréer davantage.

* l'évolution: Après une très longue période, et de nombreuses générations, les caractéristiques sont inhérentes à la plus grande partie de l'espèce. L'espèce évolue. Ces variations en s'accumulant peuvent produire à long terme une espèce nouvelle. Les caractères innés sont donc héréditaires.

Par exemple, en Arctique, les individus, qui par chance portent une mutation, une variation leur conférant une plus grande résistance au froid (pelage, taille, graisse), auront une plus grande progéniture, et, ce type de mutations va augmenter dans la population au cours des générations suivantes.

* l'origine des espèces : les espèces les mieux adaptées à leur environnement triomphent. Les autres disparaissent. Mort aux faibles ! Vie aux forts ! Les espèces évoluent sans cesse pour s'adapter en permanence aux changements extérieurs.

Pas de dessein divin. Évolution constante et contingente des espèces. Athéisme. Monisme (pas de distinction âme et corps). Matérialisme.

Survie = aptitude à tirer parti des ressources. Reproduction, moteur du brassage héréditaire, variation, apparition de mutations, de nouveaux caractères.

• Les dernières années.

La santé de Darwin décline. Malaises fréquents qui l'empêchent de travailler. Ses malaises ne furent pas identifiés, mais on pensa à une maladie tropicale, contractée au cours de son long voyage. // Pasteur, Curie = héroisme scientifique.

A la fin de sa vie, Darwin est devenu très célèbre. Les plus grands scientifiques lui rendent visite, mais il préfère habituellement vivre tranquillement entouré de sa famille à Down (Kent).

Dans «La descendance de l'homme et la sélection sexuelle» (1871): Darwin conclut que les hommes ne sont pas le résultat d'une création spécifique mais ont évolué, comme les autres espèces. On peut retrouver la trace de leurs ancêtres dans la plus lointaine préhistoire.

Il existe des instincts sociaux (amour, sympathie). L'homme est certes un mammifère mais il est doté de ces sentiments. Compagnie du semblable => intelligence. Sens moral inné. Utilité pour la survie et la cohésion du groupe. Pas de transcendance. Pensée utilitariste. Contre l'expansion coloniale (en Australie, Darwin fut profondément troublé par les conditions de vie misérables des populations sous occupation… anglaise). Contre l'esclavage. Anti-racisme. Unité de l'espèce humaine (les «nègres» ne sont pas différents de nous). Darwin est un homme de «gauche», ou du moins, un progressiste.

1877 = il reçoit un diplôme d'honneur de l'université de Cambridge.

1881 = première crise cardiaque

Il meurt à 73 ans, le 19 avril 1882.

Enterré à l'abbaye de Westminster aux côtés du grand Newton.

• Une trahison de Darwin: Le darwinisme social ou spencérisme

Spencer (1820 – 1903) = interprétation de Darwin pour en faire un penseur de droite, libéral. Si cela se passe comme ça dans la nature, il en est de même pour les hommes et la société. Le plus fort opprime le plus faible. Les moins adaptés doivent disparaitre. Etre fort avec les faibles et être faible avec les forts. Faire de l'évolutionnisme, un capitalisme où les forts seraient les riches et les faibles, les pauvres.

Le darwinisme social = idéologie politique favorable à la suppression des protections sociales envers les pauvres.

Prolongement = https : //fr.wikipedia.org/wiki/Darwinisme_social

1. Le néo-darwinisme

La connaissance du code génétique et des mécanismes de l'hérédité confirme l'explication darwinienne de l'évolution bien qu'elle la corrige sur certains points. Pourquoi ?

1. La génétique moléculaire a montré que le code génétique ne peut pas être modifié par une adaptation de l'individu à son milieu. L'information circule de l'A.D.N. aux protéines, constituants essentiels de l'être vivant, et non des protéines modifiées par l'action de l'individu (ex. musculation) à l'A.D.N. Par suite, les caractères acquis ne peuvent pas être transmis.
2. La génétique moléculaire a confirmé l'idée de variation individuelle aléatoire et indépendante du milieu. En effet, le message génétique se transmet en général sans altération mais il existe néanmoins des "erreurs" de transmission ou plus exactement des erreurs de réplication de l'A.D.N. en A.R.N. Si pour Darwin, la variabilité caractérise tout individu, cette dernière est "anormale" pour la génétique moléculaire. Le concept de mutation prend alors la place du concept de variation. L'évolution n'est pas le résultat de l'accumulation des différences individuelles mais celui de l'accumulation des erreurs de transmission du code.

Il est donc désormais possible d'expliquer le vivant, sa finalité interne et l'évolution des espèces à partir du seul postulat de l'objectivité de la nature. L'être vivant est un être de la nature qui, comme tout être de la nature, peut être l'objet d'une connaissance par les causes efficientes. Le mécanisme rend désormais compte de la finalité interne, effet de la sélection naturelle, et de l'évolution, effet de cette même sélection. Il n'existe aucune différence de nature entre le vivant et l'inerte. Cependant, l'explication mécaniste est-elle vraiment satisfaisante ?

1. Examen critique du darwinisme et du néo-darwinisme

Le problème est le suivant : peut-on comprendre à partir du concept de hasard la complexité de l'organisme et la diversité des formes vivantes ? F. Jacob, pourtant néo-darwinisme formule le problème comme suit : "Pour extraire d'une roulette, coup par coup, sous unité par sous unité, chacune des cent mille chaînes protéiques qui peuvent composer le corps d'un mammifère, il faut un temps qui excède, et de loin, la durée allouée au système solaire".

Cela ne nous conduit-il pas à minimiser la victoire du mécanisme sur le vitalisme ? Le vitalisme est la conception selon laquelle la vie ne peut être réduite à des mécanismes physico-chimiques et plus largement à la matière. Il existerait alors une force vitale organisatrice distincte de la matière. Certes le vitalisme n'est pas une théorie scientifique puisque cette force spécifique ne peut pas être soumise au test expérimental. Mais cette théorie n'en est pas moins légitime à titre d'objet de la pensée (non de la connaissance).

Bergson, au début du siècle, dans L'évolution créatrice (1907), critique le mécanisme darwinien. Il pose au darwinisme deux questions :

1. Comment des variations accidentelles, non concertées, n'obéissant à aucun plan d'ensemble, peuvent-elles produire une structure aussi complexe que celle de l'oeil ? En effet, pour qu'il y ait vision, il faut que la sclérotique devienne transparente en un point de sa surface afin de permettre aux rayons lumineux de la traverser, que la cornée corresponde précisément à l'ouverture de l'orbite de que derrière l'ouverture transparente se trouvent des milieux convergents, qu'à l'extrémité de la chambre noire se trouve la rétine, etc. Deux réponses sont alors possibles. Celle de Darwin : par cumul des petites variations. Mais comment cela se fait-il qu'elles soient compatibles entre elles et aillent toutes dans le même sens ? Parce qu'elles sont insensibles et que la sélection pourra conserver les variations compatibles. Cependant, en vertu de quoi une variation légère qui ne gêne pas le fonctionnement de la structure, serait-elle conservée ? Si elle ne le gêne pas, elle ne le sert pas non plus et n'a donc aucune raison d'être conservée. L'autre réponse est celle, entre autres, de Bateson et De Vries : une espèce nouvelle ou une structure nouvelle sont l'effet de l'apparition simultanée de quelques variations brusques. Mais dans ce cas la probabilité pour qu'elles soient compatibles est presque nulle. Bergson résume en ces termes sa critique : "Si les variations accidentelles qui déterminent l'évolution sont des variations insensibles, il faudra faire appel à un bon génie, le génie de l'espèce future, pour conserver et additionner ces variations, car ce n'est pas la sélection qui s'en chargera. Si d'autre part, les variations accidentelles sont brusques, l'ancienne fonction ne continuera à s'exercer, ou une fonction nouvelle la remplacera, que si tous les changements survenus ensemble se complètent en vue de l'accomplissement d'un même acte ; il faudra encore recourir au bon génie, cette fois pour obtenir la convergence des changements simultanés, comme tout à l'heure pour assurer la continuité de direction des variations successives" (ch. I).
2. Comment des variations accidentelles peuvent-elles produire des organes de structures similaires sur des lignes divergentes d'évolution ? Par exemple, comment l'oeil du Peigne (mollusque) et celui de la vache peuvent-ils être similaires ? Comment expliquer que d'innombrables petites variations se soient produites parallèlement sur des lignes d'évolution indépendantes, celle des invertébrés et celle des vertébrés. Il y a là, selon toute apparence, une continuité et unité de direction que le mécanisme ne peut pas expliquer.

Le mécanisme ne peut répondre à ces questions et, en d'autres termes, expliquer la vie sans la vie. Si l'on ne veut pas seulement connaître les mécanismes vitaux pour agir sur eux (lutte contre la maladie, le vieillissement, les tares) mais également comprendre la vie, sa diversité et unité, sa complexité, sa finalité, sa direction, l'apparition de cet être vivant conscient qu'est l'homme, il faut admettre l'existence d'un principe interne de changement et création que Bergson nomme élan vital. Cet élan vital est un courant qui traverse la matière. La matière traversée par cette force vitale s'organise de manière à engendrer des êtres vivants. Ces êtres vivants sont des êtres organisés par une "finalité sans fin". Il existe bien une finalité puisque les formes vivantes ne sont pas les effets de mécanismes aveugles mais cette finalité est cependant, selon les termes mêmes de Bergson, une "finalité sans fin" dans la mesure où l'élan vital ne poursuit pas une fin prédéterminée et extérieure à lui. Cet élan n'est pas un sujet susceptible de poursuivre une fin mais une énergie spirituelle. La vie n'est donc pas seulement une certaine organisation de la matière, un agencement complexe de mécanismes physico-chimiques ; la vie est aussi esprit, esprit qui se pense lui-même en l'homme. Bergson récuse la distinction cartésienne de l'âme et du corps qui fait du corps et par suite de la vie une pure mécanique. Les animaux, bien qu'inconscients d'eux-mêmes, ne sont pas des machines.

Conclusion

La connaissance du vivant est devenue une science au sens étroit, c'est à dire une science expérimentale, lorsque, la méthode expérimentale élaborée par les physiciens fut adoptée. Cette méthode exclut le recours aux causes finales et invite à ne chercher que les causes efficientes. L'application de cette méthode a rencontré des difficultés, elle s'est néanmoins avérée extrêmement féconde. L'explication scientifique de la vie sans la vie, par les seuls mécanismes physico-chimiques, est-elle pour autant satisfaisante ? Ici encore il me paraît pertinent de distinguer connaître et penser ou expliquer et comprendre. La connaissance explicative ou connaissance des mécanismes n'épuise pas son objet, cet objet qu'est la vie, et celui qui cherche à comprendre ne peut se passer des concepts de finalité et de vie. Certes, rendre compte de la vie par l'élan vital n'est pas non plus satisfaisant car le raisonnement est tautologique : l'attribut "élan vital" ne contient rien de plus que le sujet "vie". Il a cependant le mérite de dénoncer l'insuffisance du mécanisme et de mettre en garde contre le scientisme c'est à dire la prétention de la science à résoudre les problèmes philosophiques. Comme le dit Heidegger : "la science ne pense pas", ce qui signifie que la science ne dispose pas des concepts lui permettant de réfléchir sur la nature des connaissances scientifiques puisque ses concepts sont des concepts d'explication des phénomènes naturels. Cette réflexion appartient à la philosophie. Or, la réflexion philosophique nous apprend qu'un principe méthodologique n'est pas un principe ontologique. Ce n'est pas parce que la biologie, en tant que science, découvre, à l'aide d'une certaine méthode qui postule l'objectivité de la nature, les mécanismes du vivant que le vivant en lui-même, ontologiquement, est une machine. Ainsi, mécanisme et vitalisme sont des interprétations philosophiques de la connaissance scientifique du vivant.